L'ottocento vede la nascita delle prime attività cantieristiche e nel 1819 fu iniziata la costruzione della Darsena Lucca. Nel 1873 fu realizzata l'attuale darsena Toscana e tra il 1903 ed il 1905 venne costruita la Darsena Italia. Nel frattempo i moli di foce che proteggevano l'accesso al porto canale subirono numerosi allungamenti per cercare di prevenire i frequentissimi problemi di insabbiamento. Sempre per risolvere tali problemi, nel 1913 iniziarono i lavori dell'attuale molo di sopraflutto che terminarono nel 1937, mentre nel 1936 iniziarono i lavori per la Darsena Europa. Nel 1969 iniziarono i lavori della Nuova Darsena, con il conseguente sviluppo dell'attività commerciale. Tra il 1965 e il 1976 venne realizzato un ulteriore braccio del molo di sopraflutto fino a raggiungere la configurazione attuale.
In base al P.R.P. vigente, le funzioni previste per il porto di Viareggio sono la cantieristica (vi sono dedicate parte della Darsena Italia, della Darsena Toscana e della Darsena Lucca, oltre alle banchine e ai piazzali in posizione centrale lungo lo specchio acqueo), la nautica da diporto (Darsena della Madonnina e Darsena Europa), il traffico commerciale (parte della Nuova Darsena) e la pesca (parte della Darsena Italia, della Darsena Toscana e della Darsena Lucca e dopo la realizzazione della nuova banchina commerciale anche parte della Nuova Darsena).