Giglio Porto si trova sulla costa orientale dell'isola, costituendone l'approdo per le imbarcazioni e i traghetti provenienti dalla costa toscana. L'abitato, originariamente costituito da case di pescatori, si sviluppa attorno al porto ed è caratterizzato dal lungomare e da vie che si aprono nella caratteristica Piazza della Dogana, considerata il salotto dell'isola. 

Giglio Porto è situato sul versante orientale dell'Isola del Giglio, della quale costituisce l'unico porto. Primo insediamento visibile per i traghetti provenienti da Porto Santo Stefano, in epoca romana Giglio Porto fu il primo insediamento civile dell'isola. Oggi, Giglio Porto è un piccolo centro abitato molto caratteristico, i cui segni distintivi sono le piccole casette colorate che sorgono a ridosso l'una dell'altra in linee parallele lungo tutto il versante che si affaccia sul mare creando stretti vicoli. Anche all'interno del porto, il mare è caratterizzato da una limpidezza incredibile. Giglio Porto è protetto da due moli foranei, chiamati Molo Verde e Molo Rosso. Alla testa di questi due moli è facile individuare due fanali: sul molo Nord, quasi orientato a Est, spicca un fanale a luce verde con portata luminosa di 7 mg; sul molo Est, con andamento a gomito e posizionato su un asse Nord-Sud, il fanale, sempre con portata luminosa di 7 mg, è caratterizzato da una brillante luce rossa. All'interno della struttura del porto c'è un molo in muratura esclusivamente riservato ai traghetti di linea. Il fondale è sabbioso e la sua profondità varia molto: lungo le banchine, ad eccezione del molo dei traghetti, si ha un fondale di 1,5 mt; all'imboccatura tale fondale raggiunge invece la profondità di 7-8 mt.